RAXUS BLOG [ラクサス ブログ]

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// @create 2009.12.6
// @author t.mimori @ RAXUS Co. Ltd.
// @name dna2codon
// @stdin DNA鎖
//
// @stdout codon配列
// @brief
// DNA鎖をcodon配列に変換するプログラム
// MAX_CODON × 3個以内に限る
//
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#define MAX_CODON 2000
//#define DEBUG
#include <stdio.h>
#include <ctype.h> //tolower()で必要
typedef enum {inv = -1, t = 0, c, a, g} tcag;
tcag baseNum(char base)
{
switch ((int) base)
{
case 't':
return t;
case 'c':
return c;
case 'a':
return a;
case 'g':
return g;
default:
return inv;
}
return inv;
}
int getCodonNum(const char *bases)
{
//計算の順番に注意
return baseNum(bases[2])
+ baseNum(bases[1]) * 4 * 4
+ baseNum(bases[0]) * 4;
}
char getCodonNameFromNum(int codonNum)
{
if (codonNum <= getCodonNum("ttc")) return 'F';
if (codonNum <= getCodonNum("ctg")) return 'L';
if (codonNum <= getCodonNum("ata")) return 'I';
if (codonNum <= getCodonNum("atg")) return 'M'; //開始
if (codonNum <= getCodonNum("gtg")) return 'V';
if (codonNum <= getCodonNum("tcg")) return 'S';
if (codonNum <= getCodonNum("ccg")) return 'P';
if (codonNum <= getCodonNum("acg")) return 'T';
if (codonNum <= getCodonNum("gcg")) return 'A';
if (codonNum <= getCodonNum("tac")) return 'Y';
if (codonNum <= getCodonNum("tag")) return '$'; //終了codon（出力されない）
if (codonNum <= getCodonNum("cac")) return 'H';
if (codonNum <= getCodonNum("cag")) return 'Q';
if (codonNum <= getCodonNum("aac")) return 'N';
if (codonNum <= getCodonNum("aag")) return 'K';
if (codonNum <= getCodonNum("gac")) return 'D';
if (codonNum <= getCodonNum("gag")) return 'E';
if (codonNum <= getCodonNum("tgc")) return 'C';
if (codonNum <= getCodonNum("tga")) return '$';
if (codonNum <= getCodonNum("tgg")) return 'W';
if (codonNum <= getCodonNum("cgg")) return 'R';
if (codonNum <= getCodonNum("agc")) return 'S';
if (codonNum <= getCodonNum("agg")) return 'R';
if (codonNum <= getCodonNum("ggg")) return 'G';
return '-'; //Error
}
int output(const char *codons)
{
printf("%s", codons);
return 0;
}
int main(int argc, char *argv[])
{
//引数の数をチェック
if (argc != 2)
{
return -1;
}

char *dna = argv[1];

int i, j, k;
i = j = k = 0;
char codons[MAX_CODON] = ""; //出力codon配列
char unitCodon[4] = ""; //1codonとなる３つの塩基

while (dna[i])
{
#ifdef DEBUG
printf("dna[%d]: %c\n", i, dna[i]);
#endif
char base = tolower(dna[i]);
if (baseNum(base) < 0)
{
return output(codons);
}
else
{
unitCodon[j] = base;
j++;
}

if (j == 3)
{
#ifdef DEBUG
printf("unitCodon: %s\n", unitCodon);
#endif
char codon = getCodonNameFromNum(getCodonNum(unitCodon));
if (codon == '$') return output(codons);
else codons[k] = codon;
#ifdef DEBUG
printf("codons: %s\n", codons);
#endif
k++;
j = 0;
}

i++;
} 
return output(codons);
}